1984年4月调至卫生部医政司从事医政管理和医院管理工作，历任副处长、处长、副司长、司长。此间发表数十篇医院管理学术论文和专著，主持引进、创建了“中国医院分级管理和医院评审制度”，主持、参与制定系列“医疗机构管理条例”、“中国医师法”、“无偿献血法”等等医政、医院管理的多项政策、法律、法规，以及各项实施细则与各级医院标准，对推动中国分级医疗服务体系的构建、医院标准化、规范化、科学化管理，并与国际接轨缩小与国际上的差距起了重大作用。曾被北京医大公共卫生学院、中国医大、湖南医大、大连医大公卫学院聘任卫生管理、内科学、内分泌学主任医师、教授。 

于宗河教授在中国首次提出实行医院分级管理和医院评审制度，使中国医院宏观管理体制发生重大变革，推动了医院发展；他力主医疗服务不可市场化，对把握医疗系统改革发展方向起了重大作用。荣获卫生部科学技术进步奖二等奖、中国医院管理奖一等奖。  

1998年以来相继任中华医院管理学会（现中国医院协会）副会长、民营医院分会会长，卫生部医院管理研究所名誉所长，《中国医院》杂志、《中国医院建筑与装备》杂志副主编、副社长，《医院报》总编辑，仍然从事医院管理和研究工作。